Eestis on ühiskanalisatsiooniga ühendatud 83 protsenti elanikkonnast, aga uuendatud direktiiv näeb ette, et 2035. aasta lõpuks tuleb ka väiksemates kohtades reovesi ühiskanalisatsiooni kaudu kokku koguda. Erandina jääb siiski teatud tingimustel võimalus kasutada reovee käitluseks individuaalsüsteeme.
Rangemaks muutuvad ka asulareoveepuhastite lämmastiku- ja fosfori eemaldamise nõuded ning kehtestatakse mikrosaasteainete eemaldamise kohustus. Eesti asulareoveepuhastid ei ole praegu veel projekteeritud mikrosaasteaineid (sh ravimi- ja kosmeetikatoodete jääke) reoveest välja puhastama, ent 2045. aasta lõpuks peavad Tartu ja Tallinna asulareoveepuhastid seda tegema. Tulevikus hakatakse reovees jälgima ka erinevaid tervisekaitse näitajaid, näiteks antimikroobset resistentsust ning erinevate viiruste (nagu näiteks SARS-CoV-2 viirus, gripiviirus) ja patogeenide sisaldust, et saada kiiremini teavet haiguste leviku kohta.