Mootorsõidukimaksu aastamaksu hakkab koguma MTA ning registreerimistasu transpordiamet. Transpordiamet esitab MTA-le aastamaksu arvutamiseks ja kogumiseks vajalikud andmed, alates mootorsõiduki omanikust ja vastutavast kasutajast kuni mootorsõiduki tehniliste andmeteni.
Registreerimistasu makstakse sõiduautode ja kaubikute liiklusregistris enne esmast registreerimist, s.t registreerimiskande eelduseks on tasutud registreerimistasu. Registreerimistasu tuleb maksta ka Eesti liiklusregistris juba registreeritud sõiduki esimesel omanikuvahetusel, eeldusel, et sõiduki eest pole varem registreerimistasu makstud.