Samal ajal ilmnesid Tallinna-Narva raudteelõigul juba uued murekohad ja ettevõte otsustas projektis nõutud Tapa–Lehtse teise tee asemel enne ära remontida Lagedi–Maardu–Muuga tee.
Erastamise ajal töö seisis, mistõttu sai raudteelõik ka lubatust hiljem valmis. Lisaks loobuti pangalaenu võtmisest, sest Eesti Raudtee sai omafinantseeringu oma rahadest kokku. «Teavitasime sellest ka ministeeriumi ja seetõttu leiame, et tegime kõik õigesti,» ütles Simmermann.
Harju maakohus otsustaski tänavu 9. jaanuaril, et riigi välislepingu kohustused Eesti Raudteele ei laienenud. Kohus leidis muu hulgas, et riigi väited Eesti Raudtee lepingu rikkumisest on paljasõnalised, sest enne kohtusse pöördumist ei olnud riik ettevõttele mingeid pretensioone esitanud.
Veelgi enam - tegelikult lasusid kõik kohustused ELi lepingutingimusi täita riigil. Kui ministeerium oleks vaevunud Eesti Raudtee tööl silma peal hoidma, poleks projektivälist isetegevust toimunud ja valitsus poleks pidanud käsi 2,3 miljonist eurost puhtaks pühkima.
Majandus- ja kommunikatsiooniministeeriumi avalike suhete osakonna nõunik Rasmus Ruuda tunnistas, et vigu tõepoolest tehti. «Järelevalve projekti üle oleks kindlasti pidanud olema parem, kuid järelevalve küsimus ei ole kohtuotsuses esmatähtis,» sõnas ta. Ruuda juhtis tähelepanu sellele, et 1990-ndate aastate lõpus puudus Eestis ELi toetuste kasutamise õigusraamistik, mis garanteeriks selguse ning määratleks kõigi osapoolte kohustused.
Eesti Raudtee juht Kaido Simmermann tunnistas, et ta ei mõista, miks riik Euroopast saadud toetusraha üldse tagasi maksis. «Põhjendatud see küll ei olnud, sest Euroopa Komisjonil ei olnud nendes küsimustes kindlasti mitte päris õigus. Nad tegid tagasiarvestuse mingi oma valemiga, millest meie kuidagi aru ei saanud, kuidas nad sellised numbrid said,» meenutas Simmermann komisjoni rahanõuet.
Riigi lootus toetusraha tagasi saada on tänaseks luhtunud. Eile otsustas rahandusministeerium, et Eesti Raudtee ainuomanikuna ei hakka riik Harju maakohtu otsust enam edasi kaebama.