Samuti ei ole ministeeriumi sõnul tehtud eelhindamist, et välja selgitada, millistele Natura 2000 aladele tuleb üldse läbi viia asjakohane hindamine.
Lisaks tuleb vastavalt Euroopa Komisjoni Natura hindamise juhendmaterjalile mõju hindamine läbi viia Natura alade, mitte liigirühmade või elupaikade kaupa nagu on tehtud antud dokumendis, kus ühtlasi on ka erinevaid liigirühmasid on käsitletud erinevalt, mistõttu tuleb dokument ministeeriumi sõnul ühtlustada.
Ekspertarvamuses on ministeeriumi sõnul muu hulgas ka leitud, et aruandes käsitletud Rail Balticu trassialternatiivide mõju Pärnu lahe ja Kabli linnukaitsealadele on äärmiselt vähetõenäoline ning seetõttu ei peetud vajalikuks ka nende osas Natura linnustiku mõjude asjakohast hindamist. Ministeerium toonitab aga, et asjakohast hindamist ei pea tegema vaid juhul, kui igasugune oluline ebasoodne mõju Natura 2000 aladele on välistatud.
Kokkuvõtlikult leiab ministeerium, et kuna trassikoridoride võrdlustulemustes on Natura 2000 alade osas toodud eelistused ekspertarvamuse põhjal, siis kõigepealt tuleb täiendada ja täpsustada ekspertarvamust ning selle alusel ka aruande eelnõud.
Aruande eelnõu avalik väljapanek, mille raames keskkonnaministeerium oma märkused esitas, on maakonnaplaneeringu uuendamise esimene etapp. Pärast koostööd avalikkuse ja ametiasutustega võrdlustulemuste osas ning nende täiendamist koostatakse planeeringulahendus eelistatud trassikoridorile. Paralleelselt planeeringu koostamisega viiakse läbi ka keskkonnamõju strateegiline hindamine.
Trassialternatiivide võrdlustulemuste aruande eelnõu kohta sai ettepanekuid, vastuväiteid ja küsimusi esitada kuni esmaspäeva, 9. augustini. Avalikule väljapanekule järgnevad avalikud arutelud, kus tutvustatakse ja arutatakse väljapaneku käigus laekunud ettepanekuid ja küsimusi. Arutelud toimuvad 7. septembril Pärnu keskraamatukogus, 9. septembril Kilingi-Nõmme klubis ja 11. septembril Uulu kultuuri- ja spordikeskuses.