Eesti rohkem kui 3800 kilomeetri pikkusel rannajoonel on kokku ligikaudu 200 sadamat ja väikesadamat, mille kaudu on meritsi võimalik riiki siseneda või siit lahkuda. Pärast Schengeni viisaruumiga ühinemist ei ole Eesti väikesadamates kohustuslikku piirikontrolli teostatud. Kolmandatest riikidest saabujatele rakendati seni piirikontrolli teenust teatavates sadamates asuvates piiripunktides vastavalt väljakutsele.
Nüüd peab PPA seoses liikumise ajutise piiramisega saartel ning piiride sulgemisega võtma taas kontrolli alla ka kogu merepiiri. PPA piiripunktid asuvad vaid kolmekümnes sadamas ning neist enamuses ei ole piirivalveametnikud püsivalt kohal, vaid saabuvad väljakutsel.
Eriolukorras sisepiiri kontrolli ja riigipiiri valvamise ajutise taaskehtestamise määrusega on piirikontrollist vabastatud kohalikud rannapüügi kalalaevad. Erandlikel asjaoludel võib politseiametnik anda loa ületada sisepiiri väljaspool piiripunkti, kui isiku dokumendid on korras.
Väikelaevaliiklust jälgib Merevalvekeskus
Politsei-ja Piirivalveameti politseikolonelleitnant Kristjan Toom selgitas veeliikluse järelevalve rakendamist järgmiselt:
«Valitsuse kehtestatud liikumispiirangute alusel alustas Politsei- ja Piirivalveamet (PPA) Saaremaale, Muhumaale, Hiiumaale ning Vormsi, Kihnu, Manija ja Ruhnu saarele ja sealt ära liikuvate inimeste kontrolli. Eesti merealal jälgib veesõidukite liikumist Merevalvekeskus, kellel on õigus veesõidukilt saada teavet tema liikumisest ja eesmärgist. Kui veesõidukil puudub raadiosaatja ja PPA Merevalvekeskusel ei ole võimalus sellega ühendust saada, siis võib Merevalvekeskus suunata veesõiduki sihtsadamasse vastu politsei patrulli, kes täpsustab veesõiduki reisi asjaolud. Lääne- Eesti saarestiku ümbruses patrullivad ka PPA laevad, millel on samuti õigus veesõidukeid peatada ja täpsustada reisi asjaolusid. Kalapüük (ja muud tööd) on merel lubatud. Näiteks, kui kalur läheb merele ja tuleb samasse punkti tagasi, siis on see lubatud. Loodame siinkohal ka inimeste mõistvale suhtumisele piirangutesse.»