Selline kokkuhoid saavutati tänu seadusemuudatusele, mis võimaldab senise omaniku soovi korral maid mitte välja osta, vaid need asendada kusagil mujal samaväärse kinnistuga. Kaunissaare sõnul soovib näiteks Pärnumaal 60 protsenti trassi alla jäävate maade omanikest just nn maadevahetust.
Oluliselt odavnes uuringute, planeerimise ja projekteerimise kulu ligi 35 miljoni euro võrra, jäädes pidama tasemele ligi 79 miljonit eurot.
Eelprojektiga kallines Rail Balticu maksumus summani, mida edaspidi võib muuta üksnes turu kõikumine nagu energia, materjalide ja tööjõu kallinemine, kuid ka odavnemine.
Eestit Euroopaga ühendma hakkava Rail Balticu raudtee eskiisiga võrreldes kallines eelprojekti näidatav maksumus ligi 245 miljoni euro võrra, tõustes ligi 1,6 miljardi euroni. Tegemist on summaga, mis suurusjärgu poolest sarnaneb Eesti riigi poolse omafinantseeringuga: eskiisi kohaselt pidime raudteesse panustama 269 miljonit eurot, eelprojekti järgi aga 318 miljonit eurot.
Rail Balticu koordinaatori Kristjan Kaunissaare kinnitusel läheneb eelprojekt oma detailsuses nii palju põhiprojektile, et selle järgi oleks põhimõtteliselt võimalik juba alistada ehituslubade taotlemisega.
Eelprojekt sisaldab ka nn ettenägematute kulude rida, mis näeb projekti maksumuse sees ette ligi 76 miljoni euro suurust kulutuste kõikumist.
Kõige rohkem kallineb raudtee enda ehitamine ligi 140 miljoni euro võrra. Selline muutus tuleneb üksikasjalikest geodeetilistest uuringutest, mille käigus puuriti trassi ulatuses iga 100 meetri taha kontrollauk ja selgitati välja raudteetammi ehitamise üksikasjad. Samuti kallines märkimisväärselt raudteega seotud teede ehitamine ligi 68 miljoni euro võrra, makstes nüüdse hinnangu kohaselt ligi 113 miljonit eurot. Kolmas suurem eelarve kallinemise rida puudutas raudtee ületamiskohtade rajamist juba olemasolevatele või rajatavatele teedele. Siin tõusid kulud ligi 52 miljoni euro võrra, saavutades taseme ligi 112 miljonit eurot.
Täiesti uute kulutustena tulid eelprojekti sisse maaparanduse ja kommunikatsioonidega ristumiste rajamine, mille maksumuseks hinnatakse kokku üle 19 miljoni euro.