Kuna Eesti maksutase on laevafirmade jaoks liiga kõrge, et neid Eesti lipu alla meelitada, kaalub valitsus selle muutmiseks maksubaasipõhise süsteemi sisseviimist nii tulumaksu, sotsiaalmaksu kui töötuskindlustuse maksu osas. Kui tulumaksu kogumise eelisõigus on operaatori asukohamaal, siis sotsiaalmaksu tasutakse laeva lipu järgi.
Uue maksusüsteemi jõustumisel võiks riigi teenitav maksutulu ühe kaubalaeva kohta aastatel 2019–2060 olla ligi 2,2 miljonit eurot. Maksutulu ühe kruiisilaeva kohta aastatel 2019–2060 oleks ligi 26,4 miljonit eurot. Muudatustega loodetakse 2019. aastaks Eesti lipu alla meelitada 15 kaubalaeva, millelt kokku laekuks makse seega kokku 700 000 eurot.
Viie aasta pärast peaks laevu olema juba 90 ning aastane maksulaekumine 78,3 miljonit eurot. Aastaks 2029 peaks laevade arv jõudma juba 165-ni ja maksutulu 189 miljonini ning 2039. aastaks vastavalt 300 laeva ja 636,1 miljoni euroni aastas.
Tulude, sealhulgas sotsiaalmaksu arvestamisel oleks maksubaas reakoosseisu töötajate puhul veeteede ameti koostatud analüüsi järgi nii vanemohvitseride, nooremohvitseride, kui reakoosseisu puhul 750 eurot. Erinevalt nullmaksutaset rakendavates laevastikega mereriikidest ei saa Eesti seda teha, kuna riigil on kohustus tagada oma territooriumil alaliselt elavatele meremeestele võrdsel tasemel sotsiaalkindlustus.
«Päris nulli me ei saa makse viia, sest sotsiaalkaitset peame pakkuma ja me ka tahame seda Eesti meremeestele pakkuda. Samuti peame läbi Euroopa Liidu seadusandluse samaväärseet kaitset pakkuma ka Euroopa meremeestele,» ütles veeteede ameti arendusjuht Eero Naaber BNS-ile.
Senise kehtiva 20-protsendise tulumaksumäära asemel soovitab veeteede amet viia maksumäär 11,6 protsendile, kuna senise tulumaksumääraga on Eesti meremees välismaistest meremeestest 89 protsenti kallim ja vähem konkurentsivõimeline.