Riigikontrolli analüüs näitas, et vesiviljelusettevõtete majanduslikule toimetulekule pole toetused veel mõju avaldanud. Võrreldes toetust saanuid nendega, kes toetust ei olnud taotlenud, ei täheldatud vaadeldud majandusnäitajate puhul statistiliselt olulist mõju mitte üheski. Ettevõtete paremat toimetulekut on pidurdanud ka vähene tootearendus ja napp ühistegevus, mis aitaks pürgida sise- ja välisturgudele.
Riigikontroll rõhutab, et kalakasvatuse arendamisele seab lisaks majanduskeskkonnale olulisi piiranguid ka looduskeskkond, mistõttu on vaja kasutada tootmisviise ja tehnoloogiaid, mis võimaldavad kasvanduste keskkonnakoormust maksimaalselt vähendada. Seda on ka toetuste määramisel arvestatud. Samas ei ole kehtiv keskkonnatasude süsteem kalakasvanduste suhtes hästi rakendatav ega suuna kasvandusi keskkonnakoormust vähendama.
Tootmisvõimsuste olemasolu on loonud eeldused vesiviljelustoodangu kasvuks, kuid selleks, et tehtud investeeringuist oleks kasu ning kogu vesiviljelus oleks konkurentsivõimeline ja jätkusuutlik, soovitab riigikontroll riigil, eelkõige maaeluministeeriumil, pöörata tähelepanu järgmistele aspektidele: millele ja mis tingimustel raha antakse, kuidas aidata edendada eksporti ning ühistulist tegevust, et toodangut oleks lihtsam väärtustada ja turustada, täpsustada, kuidas soovitakse arendada uusi vesiviljelusesuundi ning seada tulemuslikkuse mõõtmiseks ka sobivad mõjunäitajad.
Riigikontroll auditeeris, kas Euroopa Kalandusfondi perioodi 2007–2013 vesiviljelustoetused on aidanud suurendada vesiviljelustoodangu mahtu keskkonda kahjustamata. Auditis käsitleti peamiselt Euroopa Kalandusfondi perioodi 2007–2013.
Sel perioodil taotles vesiviljelusse investeerimise toetust 44 ettevõtet 64 projektile. 2/3 neist projektides viidi ellu ning nende tarvis maksti välja kokku 8,4 miljonit eurot toetust. Lisaks andis Maaelu Edendamise Sihtasutus nende projektide tarvis riigi garanteeritud laenu 5 miljoni euro ulatuses.
Eestis on 50 suuremat vesiviljelusettevõtet, kes kasvatavad kala ja/või vähki. Peamiselt kasvatatakse suurt vikerforelli, mis moodustab 70 protsenti kalatoodangu müügimahust, väiksemas mahus karpkala, angerjat, siiga, siberi tuura ja vene tuura ning vähesel määral vähki.