Maksu- ja tolliamet on kriminaalmenetluse seadustikus loetletud jälitusasutusena, mille iseseisva tegevuse võimalused on aga piiratud. MTA võib jälgida varjatult isikut, asja või paikkonda, koguda varjatult võrdlusmaterjali ja teha esmauuringuid, teostada varjatult asja läbivaatust ning asendada selle varjatult. Ülejäänud jälitustoimingute läbiviimiseks peavad nad selle teostamise taotlema aga politsei- ja piirivalveametilt või kaitsepolitseiametilt.
«Nii ei võimalda kehtiv seadus MTA-l vaadata varjatult läbi postisaadetist, vaadata või kuulata salaja pealt teavet, matkida kuritegu ning kasutada politseiagenti. Leian, et maksu- ning tolli- ja narkokuritegude spetsiifikat arvestades (tegemist sageli keerukate, mitme vahelüliga ja reaalse majandustegevusega põimunud kuriteoskeemidega; kõrge juriidilise taseme ja toega kurjategijad; kuritegude toimepanemise protsessi pikaajalisus, toimepanemise erinevad etapid, mis muutuvad ajas ja ruumis ning mis on reeglina peidetud legaalse tegevuse taha jne) ei ole efektiivne, ressursikasutuse mõttes otstarbekas ega ka vastutuse ning põhiõiguste kaitse seisukohalt põhjendatud olukord, kus väga kaaluka osa MTA jälitusalasest tööst peavad ära tegema jälitusasutused, kes igapäevaselt maksu- ja tollikuritegudega kokku ei puutu,» kirjutas Teder sise-, justiits- ja rahandusministeeriumile.
MTA piiratud pädevusega jälitustoimingute teostamisel kaasnevad mitmed probleemid: nii tuleb jälitustoimingute puhul, mille tegemiseks esitatakse taotlus PPA-le või KAPO-le, arvestada nimetatud asutuste töökorralduse, ressursside ning prioriteetidega.
Ka MTA jälitustoimingute statistilised näitajad võiks eeldada jälitustoimingute iseseisva läbiviimise võimekuse väljaarendamist.
2013. aastal alustati vanglates menetlust kokku 7 jälitustoimiku raames (neist 2 tagaotsimiste kohta), 5 juhul kuulati salaja pealt teavet (6 isiku suhtes) ning ühel juhul tehti positsioneerimist, lisaks kuulati kahel juhul salaja pealt 2 isiku edastatavat teavet enne 2013. aastat alustatud jälitusmenetluste raames.