Eesti vabariigi tsiviilhagi 13 870 000 krooni saamiseks jäi kohtuotsusega rahuldamata, kuna kohus leidis, et kahju ei kannatanud mitte riik, vaid Werol. Samas jättis Werol kohtuprotsessi ajal süüaluste vastu tsiviilhagi esitamata.
Menetluskuludena peab Aavik tasuma 55 477 krooni, Hainsoo ja Jaanimetsa menetluskulud jäävad riigi kanda.
Prokurör Marge Püss taotles Aaviku karistamist nelja-aastase vangistusega. Hainsoole taotles prokurör kaheaastast tingimisi vangistust kolmeaastase katseajaga ning Jaanimetsale üheaastast tingimisi vangistust ühe aasta ja kuue kuu pikkuse katseajaga.
Kannatanu esindajad vandeadvokaat Karina Lõhmus-Ein ja põllumajandusministeeriumi esindaja Indrek Grusdam taotlesid Aavikult ja Hainsoolt 13 870 000 krooni suuruse tsiviilhagi väljamõistmist Eesti riigi kasuks.
Süüaluste kaitsjad taotlesid oma klientide õigeks mõistmist.
2008. aasta aprillis alanud protsessil ei tunnistanud Aavik süüd suurte summade omastamises ettevõttest, ulatuslikus rahapesus ega ametiseisundi kuritarvitamises. Jaanimets eitas omastamisele kaasaaitamist ja võltsimist ning Hainsoo ametiseisundi kuritarvitamist.
Aaviku kaitsja vandeadvokaat Monika Mägi, Hainsoo kaitsja vandeadvokaat Sirje Must ja Jaanimetsa kaitsja vandeadvokaat Aadu Luberg leidsid, et nende kaitsealustele esitatud süüdistused ei ole põhjendatud.
Süüdistuse järgi kantis Aavik varifirmade ja fiktiivsete arvete alusel ettevõttest välja üle kolme miljoni krooni ning üritas seda raha seejärel legaliseerida.
Samuti tekitas Aavik süüdistuse järgi Werolile rapsiseemne liialt kõrge hinnaga ülevarumisel enam kui 13 miljoni kroonini ulatuva kahju.
Süüdistuse järgi varus Werol Aaviku juhtimise all ligi kaks korda enam rapsiseemet, kui nõukogu oli lubanud.